Die Aufsichtsbehörden, die Bundesanstalt für Finanzdienstleistungsaufsicht (BaFin) bzw. die Europäische Zentralbank, üben in Zusammenarbeit mit der Deutschen Bundesbank die Aufsicht über deutsche Kredit- und Finanzdienstleistungsinstitute aus (§ 6 Abs. 1 und § 7 Abs. 1 und 1a KWG). Darüber hinaus arbeitet die Deutsche Bundesbank mit der BaFin bei der Beaufsichtigung von Wertpapierinstituten, Zahlungsinstituten und E-Geld-Emittenten zusammen (§ 9 Abs. 1 WpIG sowie § 4 Abs. 3 ZAG). Die Hauptverwaltungen der Deutschen Bundesbank sind umfassend an der laufenden Überwachung der Institute beteiligt.

Die Hauptverwaltung in Bayern ist grundsätzlich Ansprechpartner für alle bankaufsichtlichen Fragen, die Institute mit Hauptniederlassung in Bayern betreffen, vorbehaltlich der Regelungen zum einheitlichen Aufsichtsmechanismus (SSM).

Im Bereich der Hauptverwaltung in Bayern sind auch Institute ansässig, die der Aufsicht durch die EZB unterliegen. In die Beaufsichtigung dieser Institute sind seitens der Bundesbank die am Standort der Hauptverwaltung ansässigen Joint Supervisory Teams (JSTs) eingebunden.