Neben den eigenen bi- und multilateralen Kooperationsaktivitäten engagiert sich die Deutsche Bundesbank in EU-finanzierten Projekten.

Seit 2004 führt die Bundesbank EU-Twinning-Projekte durch. Diese Verwaltungspartnerschaften zwischen alten und neuen EU-Mitgliedstaaten sowie Beitrittskandidaten sind eine Initiative der Europäischen Kommission. Die Projekte werden partnerschaftlich von je einem Projektleiter/einer Projektleiterin der beteiligten Verwaltungen in beiden Ländern geleitet und von Kurzzeitexpertinnen und -experten sowie ggf. einem "Ständigen Twinning-Berater/einer Ständigen Twinning-Beraterin" umgesetzt. Sie haben eine Laufzeit von sechs Monaten bis zu zwei Jahren. Die Projekte entstehen auf Initiative der Partnerinstitution und werden von der EU-Kommission europaweit ausgeschrieben. Ziel der Twinning-Projekte ist es, die institutionellen Strukturen der Partnerländer an EU-Standards heranzuführen.

Darüber hinaus beteiligt sich die Bundesbank an EU-finanzierten Projekten, an denen neben der Bundesbank auch andere Zentralbanken des ESZB beteiligt sind.

Gemeinsam mit 19 Zentralbanken des Europäischen Systems der Zentralbanken, der Europäischen Zentralbank und der Europäischen Kommission unterstützt die Bundesbank ein Projekt für Zentralbanken und Aufsichtsbehörden des Westbalkans. Das erste Projekt wurde im Dezember 2021 abgeschlossen (siehe Film in englischer Sprache). Ein Folgeprojekt startete im September 2022. Das Folgeprogramm hat eine Laufzeit von drei Jahren und zielt darauf ab, die institutionellen Kapazitäten der begünstigten Institutionen weiter zu stärken, insbesondere durch die Verbesserung der Analyse- und Politikinstrumente und die Anwendung etablierter internationaler und europäischer Standards. 3 Millionen Euro aus dem  Instrument for Pre-Accession Assistance (IPA III) werden von der EU für dieses Programm bereitgestellt.