Die Aufsichtsbehörden, die Bundesanstalt für Finanzdienstleistungsaufsicht (BaFin) bzw. die Europäische Zentralbank, üben in Zusammenarbeit mit der Deutschen Bundesbank die Aufsicht über deutsche Kredit- und Finanzdienstleistungsinstitute aus (§ 6 Abs. 1 und § 7 Abs. 1 und 1a KWG). Darüber hinaus arbeitet die Deutsche Bundesbank mit der BaFin bei der Beaufsichtigung von Wertpapierinstituten, Zahlungsinstituten und E-Geld-Emittenten zusammen (§ 9 Abs. 1 WpIG sowie § 4 Abs. 3 ZAG). Die Hauptverwaltungen der Deutschen Bundesbank sind umfassend an der laufenden Überwachung der Institute beteiligt.

Die Hauptverwaltung in Hamburg, Mecklenburg-Vorpommern und Schleswig-Holstein ist grundsätzlich Ansprechpartner für alle bankaufsichtlichen Fragen, die Institute mit Hauptniederlassung in diesen Bundesländern betreffen, vorbehaltlich der Regelungen zum einheitlichen Aufsichtsmechanismus (SSM).